En 2001, en vertu d’une entente relative à la prise en charge de certains terminaux de traversiers, le gouvernement du Québec lui attribuait la propriété et la gestion des installations portuaires. De même, en 2009, le gouvernement québécois transférait à la STQ la responsabilité des traverses, dessertes et infrastructures maritimes suivantes :
■■ traverse de l’Île-Verte;
■■ traverse Harrington Harbour-Chevery;
■■ traverse de la rivière Saint-Augustin;
■■ desserte maritime des Îles-de-la-Madeleine;
■■ desserte maritime de l’île d’Anticosti et de la Basse-Côte-Nord;
■■ quai de Port-Menier;
■■ débarcadère ferroviaire de Matane.